Зонирање на паркот
За заштита на природните вредности и промоција на економскиот развој, во паркот се дефинирани 4 зони:
- Зона на строга заштита (26,56%) - претставува подрачје со највисок интерес за заштита, примарно со изворни и неизменети карактеристики на екосистемите. Во оваа зона човековото влијание ќе треба да е сведено на минимум, па затоа и не се дозволени никакви интервенции. Зоната на строга заштита е поделена на 5 единици: Љуботен, Бистрица, Кобилица, Лешница и Маздрача.
- Зона на активно управување (49,06%) - простор од висок интерес за заштита во која се потребни управувачки интервенции со цел реставрација и одржување, ревитализација или рехабилитација на живеалиштата, екосистемите и другите елементи од пределот. Ги опфаќа регионите за традиционална испаша и значајните шумски екосистеми на Шар Планина.
- Зона на одржливо користење (22,02%) - опфаќа инфраструктурни објекти, објекти на културното наследство, типови на шуми кои се под влијание на човекови активности и планинските населени места со околното земјоделско земјиште. Во оваа зона е дозволено користење на природните ресурси на начин што не го загрозува опстанокот на видовите и нивните живеалишта.
- Заштитен појас (2,37%) - формиран околу постоечката инфраструктура на туристичката населба Попова Шапка и потенцијалното развојно подрачје на скијачкиот центар. Во заштитниот појас се предвидуваат мерки кои ќе го контролираат и намалат ефектот од економските активности во паркот.
